What we teach -- Lu Lab



Basic Courses

  • Training course for IBO - International Biology Olympiad
  • Intr. to Bioinformatics
  • Frontier of Life Sciences
  • Biophysics
Details

Advanced Courses

  • Intr. to Genomics
  • Genomics
  • Bioinformatics & Systems Biology


Details

Basic Training

  1. Program Tutorials
  2. Practices

Advanced Training

  1. RNA-seq Analysis
  2. RNA 2nd Structure Prediction





Basic Courses 高中生生物奥赛培训课程


IBO - International Biology Olympiad 《国际生物奥林匹克竞赛培训课程》

合讲课程

  • 时间:2016.6.
  • 学时:6 
  • 对象:国际奥赛参赛学生



Basic Courses 本科生课程


Introduction to Bioinformatics 《生物信息学导论》

主讲课程

  • 时间:秋季学期 (前八周)
  • 学时:32 
  • 学分:2
  • 主讲:鲁志等 
  • 对象:大三大四为主的本科生, 专业选修课


 


Frontier of Life Sciences 《生命科学前沿》

讲授单元:生物信息和基因组学介绍 -- 2hr

  • 时间:秋季学期
  • 学时:32 
  • 学分:2
  • 主讲:施一公等 
  • 对象:大一新生

课程简介: 本课程重点介绍生命科学前沿领域生化、细胞、发育、遗传、免疫、化生、生物物理、系统生物学等的发展历史、现状、及展望,使学生对基本生命科学的概貌有较全面了解。本课程重在训练学生思维及逻辑,普及作为生命学科的本科生应该了解专业内容。



Biophysics 《生物物理学》

讲授单元:生物信息学以及RNA结构的生物物理学基础 -- 6hr

  • 时间:春季学期
  • 学时:32 
  • 学分:2
  • 主讲:龚海鹏等 
  • 对象:大三大四本科生, 专业选修课

 

 

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Advanced Courses 博士生课程


Introduction to Genomics 《基因组学导论》

讲授单元:PTN基础课第10单元 -- 8hr

  • 时间:秋季学期
  • 学时:8 
  • 主讲:鲁志 
  • 对象:清华-北大-NIBS 博士生

 

 

Genomics 《基因组学》

讲授单元:基因组学分析中的生物信息学方法 -- 10hr

  • 时间:秋季学期
  • 学时:32 
  • 学分:2
  • 主讲:刘晓等 
  • 对象:清华博士生

 


Bioinformatics and Systems Biology《生物信息和系统生物学》

讲授单元:生物信息学基本方法和算法 -- 6hr

  • 时间:春季学期 (后8周)
  • 学时:48 
  • 学分:3
  • 主讲:杨雪瑞等 
  • 对象:清华博士生

 

 

 

 

 

 

 

Basic Training 基本训练


1. Programming Tutorials

Learn three techniques (完成任何一个要求即可:1. 1000行以上的程序; 2. 在线课程的正式或非正式认可,3. 任何其他官方official证书. Examples

Start from:

  • 1. Linux (Editor (e.g. VIM) and Shell Script (e.g. bash))
  • 2. Python (or Perl)
  • 3. R (or MATLAB)

Tutorial

2. Practices

Stage I. QUIZ for self-test

If you passed 1-2 of the three tasks in QUIZ, Congratulations! You may go to the advanced ones.

 

 

3. More Reading

a) On-line Courses

Get 1-2 Certificates for any of the three courses (在线课程的正式或非正式认可,或任何其他官方official证书都可以。 Examples

 

b) Learning Materials

  • 内部资料下载 (内部资料, 仅供学习参考) (password is the Public Lu lab password) (basic part)
up

 

 

 

 

 

 

 

 

Advanced Training 高级训练


1. RNA-seq Analysis

BASH - Perl/Python - R/MATLAB

 

Processes RNA-seq data, identify and characterize known and novel transcripts (including protein coding genes, TUCP and lncRNAs)

 

 

2. RNA Secondary Structure Prediction

C++

 

RME: RME predict RNA secondary structure by integrating the free energy model with probing data (SHAPE, PARS, DMS).


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